Program Studi Diploma Tiga Farmasi Politeknik Baubau resmi berdiri pada Tanggal 20 Oktober 2015 Berdasarkan SK No. 82/KPT/I/2015 MENRISTEKDIKTI, dan saat itu dalam bentuk Akademi Tenaga Kesehatan (ATK) Baubau. Pada tanggal 04 September Tahun 2017, berdasarkan SK NO 478/KPT/I/2017, ATK Farmasi kemudian berubah menjadi Program Studi Diploma Tiga Farmasi setelah bergabung dibawah naungan Politeknik Baubau. Tujuan pendirian Diploma Tiga Farmasi adalah untuk menghasilkan Lulusan (Amd.Farm) yang handal berdasarkan kompetensinya, berdasarkan etika dan aspek legal yang berlaku. Program Studi Diploma Tiga Farmasi memiliki prospek karir atau peluang kerja sebagai berikut, Pelaksana Pelayanan Kefarmasian (pemberian informasi obat) di Apotik, Puskesmas, Rumah sakit, Klinik baik institusi Pemerintah atau swasta. Pelaksana Produksi Sediaan Farmasi di industry obat baik lembaga farmasi milik pemerintah atau swasta (Biofarma, Kalbe Farma, Kimia Farma dll). Menjadi pelaksana penjaminan mutu produksi pada pabrik obat. Menjadi operator mesin industri obat, Menjadi QC dan QA proses dan output, Menjadi distributor sediaan farmasi dengan mendirikan toko obat sendiri atau menjadi distributor PBF, Menjadi Med. Rep, Distributor bahan kimia obat dan alat-alat Kesehatan baik milik pribadi maupun pemerintah atau swasta serta Menjadi ahli madya yang diperbantukan sebagai asisten dalam penelitian, baik oleh lembaga independent, perorangan, maupun instansi milik pemerintah dalam skala nasional maupun internasional.